Παρόλο που η εκτροφή της Τονκνέζας δεν ξεκίνησε πριν από τη δεκαετία του 1960, οι πρώιμες εκδοχές της φυλής υπάρχουν κατά πάσα πιθανότητα εδώ και εκατοντάδες χρόνια. Δεδομένου ότι οι Βιρμανικές γάτες (Burmese) ζούσαν για αιώνες στις ίδιες περιοχές της Νοτιοανατολικής Ασίας με τις γάτες του Σιάμ (Siamese), οι προγραμματισμένες ή ακούσιες διασταυρώσεις φαίνονται πολύ πιθανές. Σοκολατί γάτες του Σιάμ και γάτες με συμπαγή (solid) καφέ χρωματισμό έφτασαν στην Αγγλία από την Ταϊλάνδη στα τέλη του 1800, μαζί με τις παραδοσιακές γάτες του Σιάμ.

Οι πρώτες καταγραφές περιγράφουν τις καφέ γάτες ως “γάτες του Σιάμ με τρίχωμα στο χρώμα του φουντουκιού και πρασινο-μπλε μάτια”. Οι μελετητές πιστεύουν ότι επρόκειτο για γάτες με διαφορετικούς γενετικούς τύπους που πιθανόν να αντιπροσώπευαν τις σημερινές φυλές της Βιρμανικής, της Τονκινέζας, της Καφέ Αβάνας (Havana Brown) και της γάτας του Σιάμ με σοκολατί άκρα. Όμως, από τις διαθέσιμες περιγραφές η ταυτοποίησή τους είναι δύσκολη. Κατά έναν ειρωνικό τρόπο, η Wong Mau, η πρόγονος της Βιρμανικής γάτας που έφτασε στις Ηνωμένες Πολιτείες το 1930, χαρακτηρίστηκε ως υβρίδιο Βιρμανικής και γάτας του Σιάμ και σήμερα θα μπορούσε να θεωρηθεί Τονκινέζα! Οι περισσότερες καφέ και σοκολατί γάτες πήραν μέρος σε εκθέσεις όλης της Ευρώπης μέχρι τις αρχές του 1900, αλλά σύντομα έχασαν την δημοτικότητά τους. Το 1930, το Siamese Cat Club ενθάρρυνε την αποκλειστική εκτροφή γατιών του Σιάμ με γαλάζια μάτια και ανακοίνωσε των αποκλεισμό από τις εκθέσεις όσων γατιών δεν έφεραν αυτόν τον χρωματισμό ματιών.

Η Τονκινέζα ξεκίνησε μια νέα αρχή ως αναγνωρισμένη φυλή στις αρχές της δεκαετίας του 1960, όταν η Καναδή εκτροφέας Margaret Conroy διασταύρωσε μια σοκολατί Βιρμανική με μία σοκολατί γάτα του Σιάμ. Από αυτή την διασταύρωση προέκυψε μια γάτα ενδιάμεσου τύπου, την οποία η Conroy ονόμασε αρχικά “Χρυσή γάτα του Σιάμ”. Όταν ξεκίνησε η Τονκινέζα, τόσο οι Βιρμανικές όσο και οι γάτες του Σιάμ δεν είχαν “τυποποιηθεί” μορφολογικά με επιλεκτική αναπαραγωγή. Η γάτα του Σιάμ δεν είχε αποκτήσει ακόμη το εξαιρετικά κομψό και λεπτοκαμωμένο σώμα, ενώ η Βιρμανική γάτα δεν ήταν τόσο συμπαγής με στρογγυλεμένο πρόσωπο. Ο συνδυασμός των δύο φυλών και η επίτευξη ενός ομοιόμορφου και σταθερού τύπου κεφαλιού και σώματος ήταν πρόκληση για τους εκτροφείς της Τονκινέζας.

Για να ξεχωρίσει η φυλή από τη γάτα του Σιάμ, το όνομα άλλαξε σε “Tonkinese” το 1971, ονομασία που πήρε από τον κόλπο Tonkin που βρίσκεται ανάμεσα στη νότια Κίνα και το Βόρειο Βιετνάμ. Η ελκυστική αυτή ονομασία παρέμεινε παρόλο που η φυλή δεν προερχόταν από την περιοχή του κόλπου Tonkin.

Σε συνεργασία με άλλους αξιόλογους εκτροφείς, η Conroy έγραψε το πρώτο πρότυπο φυλής, το οποίο παρουσίασε στην Canadian Cat Association (CCA). Η Τονκινέζα ήταν η πρώτη φυλή που αναπτύχθηκε στον Καναδά και το 1971 της παραχωρήθηκε τίτλος πρωταθλητισμού. Μέχρι το 1990, όλες οι μεγάλες ενώσεις, συμπεριλαμβανομένου της Cat Fanciers’ Association (CFA), αναγνώρισαν επίσημα την φυλή.