Το Χοκάιντο είναι ίσως η παλαιότερη από τις 6 φυλές σκύλων Σπιτς της Ιαπωνίας, με ρίζες που χρονολογούνται πριν από σχεδόν 8.000 χρόνια. Η πρώτη ιστορική καταγραφή ξεκίνησε από το 300 μ.Χ. έως το 710 μ.Χ., όταν η φυλή Yamato εκδίωξε από το κύριο νησί της Ιαπωνίας τους ιθαγενείς Ainu και τα κυνηγετικά σκυλιά τους μέχρι το βορειότερο νησί της χώρας, γνωστό ως Hokkaido. Εκεί, τα σκυλιά τους διασταυρώθηκαν με μερικά από τα γηγενή σκυλιά Matagi Ken και Jōmon που κατοικούσαν στο νησί.

Με την πάροδο των χρόνων, οι Ainu και τα σκυλιά τους προσαρμόστηκαν στο δριμύ ψύχος και το αφιλόξενο τοπίο του νησιού. Τα σκυλιά, για να αντεπεξέλθουν στις σκληρές συνθήκες διαβίωσης, ανέπτυξαν παχύ αδιάβροχο τρίχωμα, μεγάλες πατούσες, μικρά αυτιά, φαρδύ στέρνο, δυνατά σαγόνια και στιβαρό σώμα. Είχαν κερδίσει τον σεβασμό των ιθαγενών για την αφοσίωση, τη γενναιότητα και την ικανότητα τους στο κυνήγι μεγάλων θηραμάτων. Οι Ainu ήταν κυνηγοί αρκούδων και ελαφιών, και η διαβίωσή τους εξαρτιόταν από τα θαρραλέα κυνηγόσκυλά τους. Τα Χοκάιντο χρησιμοποιήθηκαν επίσης για να τραβούν έλκηθρα και να αναζητούν επιζώντες που εγκλωβίζονταν στις θανατηφόρες χιονοθύελλες διασχίζοντας την οροσειρά Hakkoda.

Όταν Βρετανοί βιολόγοι επισκέφθηκαν το Hokkaido το 1869 για να μελετήσουν τον γηγενή πληθυσμό ζώων του νησιού, ο ζωολόγος Thomas Blakiston αναφέρθηκε στους σκύλους αυτούς ως “Ainu Ken”, “Ainu” ως αναφορά στη φυλή που τους ανέπτυξε και “Ken” που σημαίνει “σκύλος”. Αυτό το όνομα χρησιμοποιήθηκε μέχρι το 1937 όταν η φυλή χαρακτηρίστηκε ζωντανό φυσικό μνημείο της Ιαπωνίας και πήρε το όνομα του νησιού που αναπτύχθηκε.

Περίπου την ίδια εποχή, το Χοκάιντο κέρδισε την αναγνώριση της Nihon Ken Hozonkai (NIPPO). Η NIPPO χρησίμευσε ως βασική υπηρεσία αναγνώρισης και διάσωσης των 6 αυτόχθονων ιαπωνικών φυλών: Σίμπα Ίνου (Shiba Inu), Ακίτα Ίνου (Akita Inu), Σικόκου Κεν (Shikoku Ken), Κίσου Κεν (Kishu Ken), Κάι Κεν (Kai Ken) και Χοκάιντο Κεν (Hokkaido Ken). Ωστόσο, ακόμη και μετά την αναγνώριση του από τη NIPPO, το Χοκάιντο παραμένει μέχρι και σήμερα αρκετά σπάνιο.

Το 1949, υπήρξε μια πληθυσμιακή κρίση και η φυλή Χοκάιντο κινδύνευσε να εξαφανιστεί. Αυτό οδήγησε στην ίδρυση του Hokkaido Ken Hozonkai (DOKENHO) τον Φεβρουάριο του 1954 για την προστασία και διατήρηση της φυλής για τις μελλοντικές γενιές. Μέχρι και σήμερα, το Hokkaido Ken Hozonkai εργάζεται επιμελώς για να διατηρήσει τη φυσική εμφάνιση και την κορυφαία κυνηγετική απόδοση του Χοκάιντο.

Παρά τις συστηματικές προσπάθειές τους, ο αριθμός των σκύλων της φυλής συνέχισε να μειώνεται τις επόμενες δεκαετίες με τον παγκόσμιο πληθυσμό να κυμαίνεται κατά μέσο όρο μεταξύ 10.000 και 12.000 σκύλων και οι ετήσιες εγγραφές να ανέρχονται σε περίπου 5.000 σκύλους. Η φυλή αναγνωρίστηκε επίσημα από την Διεθνή Κυνολογική Ομοσπονδία (FCI) το 1964, παραμένοντας αρκετά σπάνια εκτός Ιαπωνίας. Αυτό άρχισε να αλλάζει το 2007, όταν μια ιαπωνική εταιρεία τηλεπικοινωνιών έκανε μια σειρά διαφημιστικών με λευκό Χοκάιντο. Από τότε, υπήρξε μια αύξηση δημοτικότητας για τη φυλή όχι μόνο στην Ιαπωνία, αλλά και στην Ευρώπη και τη Βόρεια Αμερική.