Ο Σκύλος των Πυρηναίων διαθέτει διπλό μανδύα, ένα σκληρότριχο εξωτερικό τρίχωμα μετρίου μήκους που καλύπτει ένα πιο μαλακό και χνουδωτό υπόστρωμα. Παρά το πλούσιο τρίχωμα, λόγω της ανθεκτικότητάς του στη βρωμιά και στο μπέρδεμα των τριχών, ένα χτένισμα την εβδομάδα αρκεί για να διατηρήσει την υγεία και λάμψη του. Όπως συμβαίνει και στους περισσότερους σκύλους, η τριχόπτωση είναι πολύ έντονη την άνοιξη και το φθινόπωρο, όπου το συχνότερο βούρτσισμα επιβάλλεται για να βοηθήσει στην απομάκρυνση της νεκρής τρίχας.

Οι περισσότεροι σκύλοι εργασίας είναι ακούραστοι, και ως αποτέλεσμα, χρειάζονται αρκετή άσκηση για να εκτονωθούν. Ενώ ο Σκύλος των Πυρηναίων είναι σίγουρα μια φυλής εργασίας, δεν απαιτεί συνεχή και έντονη άσκηση για να είναι ευτυχισμένος. Η φυλή εκτράφηκε για να κάθεται και να παρακολουθεί το κοπάδι για τυχόν προβλήματα, ενώ περιστασιακά περιπολεί και ελέγχει την ασφάλεια του. Ωστόσο, εάν εμφανιστεί κάποια απειλή όπως μια αρκούδα ή ένας λύκος, θα πρέπει να είναι σε εγρήγορση γιαι να αναλάβει δράση αμέσως.
Παρόλο που είναι ικανός να παραμείνει ξαπλωμένος όλη μέρα, ο Σκύλος των Πυρηναίων χρειάζεται καθημερινή βόλτα, ήπια άσκηση και ευκαιρίες να τρέξει και να παίξει ελεύθερος σε ασφαλές και περιφραγμένο περιβάλλον. Ωστόσο, η άσκηση δεν αφορά μόνο τη σωματική δραστηριότητα. Η νοητική διέγερση (παιχνίδι, εκμάθηση νέων κόλπων, συμμετοχή στις δραστηριότητες της οικογένειας) είναι εξίσου σημαντική και θα αποτρέψει πιθανά προβλήματα συμπεριφοράς που μπορεί να προκύψουν από την πλήξη. Όπως συμβαίνει και με όλους του σκύλους, ανεξαρτήτως φυλής ή μεγέθους, η απώλεια ή ανεπάρκεια άσκησης θα έχει ως αποτέλεσμα αρνητικές συμπεριφορές, όπως επίμονο γάβγισμα και καταστροφικότητα.

Σε γενικές γραμμές, η φυλή είναι υγιής, αλλά όπως όλες οι φυλές, μπορεί να είναι επιρρεπής σε ορισμένες παθήσεις. Κάποια σκυλιά της φυλής μπορεί να μην εμφανίσουν ποτέ κάποιες ή όλες τις παθήσεις, αλλά είναι σημαντικό να τις γνωρίζετε.
∙ Δυσπλασία Ισχίου. Η δυσπλασία του ισχίου είναι μια πάθηση που εμφανίζεται στο στάδιο της ανάπτυξης σε σκύλους. Έχει ως αποτέλεσμα τη χαλάρωση της άρθρωσης του ισχίου, η οποία προκαλεί δυσλειτουργία και πόνο. Καθώς ο σκύλος μεγαλώνει, ο χόνδρος και το οστό του ισχίου αρχίζουν να φθείρονται και με την πάροδο του χρόνου, αυτό προκαλεί αρθρίτιδα, μυϊκή ατροφία και περιορισμένη κινητικότητα. Προσβάλλει συχνότερα σκύλους μεγαλόσωμων φυλών και συνήθως είναι κληρονομική, ενώ η θεραπεία είναι συνήθως χειρουργική.
∙ Εξάρθρημα Επιγονατίδας. Πρόκειται για ένα αρκετά συχνό ορθοπεδικό πρόβλημα στους σκύλους και παρουσιάζεται συχνότερα σε μικρόσωμες φυλές, ενώ στις μεγαλόσωμες συνδέεται τις περισσότερες φορές με κάποιο τραυματισμό. Συμβαίνει όταν επιγονατίδα του σκύλου έχει εξαρθρωθεί από τη φυσιολογική ανατομική της θέση. Το βασικότερο σύμπτωμα είναι η χωλότητα και ανάλογα με τη σοβαρότητα της πάθησης μπορεί να χρειαστεί χειρουργική επέμβαση.
∙ Οξεία Γαστρική Διάταση & Συστροφή Στομάχου (GDV). Πρόκειται για μία σοβαρότατη διαταραχή που μπορεί να αποβεί θανατηφόρα και παρατηρείται συχνότερα σε μεγαλόσωμους σκύλους με φαρδύ στήθος, αν και μπορεί να προσβληθεί οποιοσδήποτε σκύλος. Στο αρχικό του στάδιο, το στομάχι γεμίζει με αέρια, προκαλώντας μια απλή γαστρική διάταση ή “φούσκωμα”. Κάποιες φορές, η κατάσταση δεν εξελίσσεται περισσότερο από ένα απλό φούσκωμα. Ωστόσο, το επόμενο στάδιο είναι η συστροφή, όπου το διογκωμένο με αέρια στομάχι συστρέφεται γύρω από τον άξονά του, με αποτέλεσμα η είσοδος και η έξοδος του στομάχου να φράζουν. Απαιτείται επείγουσα χειρουργική επέμβαση καθώς μπορεί να αποβεί μοιραίο για την ζωή του σκύλου.
∙ Εντρόπιο. Παθολογική κατάσταση της συστροφής του βλεφάρου προς τα μέσα, που συνήθως επηρεάζει τα κάτω βλέφαρα και των δύο ματιών, ενώ οφείλεται σε ανατομικά αίτια. Προκαλεί έντονο ερεθισμό στο μάτι και μείωση της όρασης. Εμφανίζεται συνήθως πριν ο σκύλος γίνει 1 έτους και η θεραπεία αποτελείται από πολλαπλές χειρουργικές επεμβάσεις που πραγματοποιούνται με την πάροδο του χρόνου.
∙ Καταρράκτης. Μία από τις πιο κοινές οφθαλμικές παθήσεις στους σκύλους, που αντίθετα με την κοινή πεποίθηση, δεν επηρεάζει μόνο τους ηλικιωμένους σκύλους. Στη πραγματικότητα, η κληρονομικότητα παίζει μεγαλύτερο ρόλο από την ηλικία. Πρόκειται για την έστω και παραμικρή αδιαφάνεια (θόλωση) που αναπτύσσεται πάνω στο φακό του οφθαλμού, με αποτέλεσμα τη σταδιακή μείωση της όρασης. Η θεραπεία είναι χειρουργική με την οποία επιτυγχάνεται η επαναφορά της όρασης του σκύλου.
∙ Νευρωνική Εκφύλιση (NDG). Κληρονομική ασθένεια που προκαλεί εκφυλιστικές αλλαγές σε ολόκληρο το νευρικό σύστημα, συμπεριλαμβανομένου του εγκεφάλου, του νωτιαίου μυελού και των περιφερειακών νεύρων. Τα κλινικά συμπτώματα συνήθως ξεκινούν όταν τα κουτάβια έχουν ηλικία μικρότερη του 1 έτους και μπορεί να είναι ήπια (όπως παραπάτημα ή σύρσιμο του ποδιού). Η κατάσταση θα εξελιχθεί με την πάροδο του χρόνου έως ότου ο σκύλος να μην μπορεί πλέον να σταθεί ή να περπατήσει μόνος του. Παρόλο που η ίδια η ασθένεια δεν είναι επίπονη, μπορεί να προκληθεί πόνος και τραυματισμοί από τις πτώσεις του σκύλου. Δυστυχώς δεν υπάρχει κάποια θεραπεία, αλλά μπορεί να ελεγχθεί με γενετικό έλεγχο.