Λίγα είναι γνωστά για την προέλευση του Ισπανικού Σκύλου Νερού. Κάποιοι θεωρούν ότι κατάγονται από αφρικανικά σκυλιά ή ότι σχετίζονται με άλλους ευρωπαϊκούς σκύλους νερού, όπως ο Πορτογαλικός Σκύλος Νερού (Portuguese Water Dog), ή με τουρκικές ή ουγγρικές φυλές ποιμενικών.

Σκύλοι τέτοιου τύπου υπήρξαν βοηθοί σε ισπανικά αγροκτήματα, ορυχεία και ψαροχώρια, όπου εκτελούσαν καθήκοντα ποιμενικών, ανάκτησης αντικειμένων, φύλαξης, περιπολίας και προστασίας. Το σγουρό τρίχωμα της φυλής πιστεύεται ότι προέκυψε για τη προσαρμογή στα διάφορα κλίματα της Ιβηρικής Χερσονήσου, που κυμαίνονταν από ξηρασία σε υπερβολική υγρασία.

Με τη μηχανοποίηση και τη μετανάστευση ανθρώπων σε πόλεις από αγροτικές περιοχές, οι σκύλοι έπαψαν να χρησιμοποιούνται στις καθημερινές εργασίες. Παρόλα αυτά, λάτρεις της φυλής προσπάθησαν να τη διατηρήσουν, ξεκινώντας το 1975 συλλέγοντας μια ποικιλία σκύλων από διάφορες περιοχές και προχωρώντας σε επιλεκτική αναπαραγωγή. Σκοπός τους ήταν να διατηρήσουν την εμφάνιση και την ικανότητα εργασίας τους, και να μετατρέψουν τις ικανότητές τους σε “νέες θέσεις εργασίας”, όπως αναζήτηση και διάσωση και ανίχνευση ναρκωτικών και βομβών.

Ο Ισπανικός Σκύλος Νερού αναγνωρίστηκε επίσημα από το American Kennel Club τον Ιανουάριο του 2015 και κατατάχτηκε στους Ποιμενικούς σκύλους.