Η προέλευση της Ιαπωνικής Μπομπτέιλ δεν είναι απόλυτα σαφής. Αν και δεν θεωρείται αποκλειστικά γιαπωνέζικη, αυτή η αρχαία φυλή φαίνεται αρχικά να αναπτύχθηκε σε άλλες περιοχές της Άπω Ανατολής, συμπεριλαμβανομένης της Μαλαισίας, της Ταϊλάνδης και της Μιανμάρ (πρώην Βιρμανία). Η φυλή εξελίχθηκε φυσικά και δεν δημιουργήθηκε από διασταυρώσεις ή προσμίξεις με υβρίδια.

Στην Ιαπωνία η φυλή είναι γνωστή ήδη από τον 6ο αιώνα. Σε κάποιους ναούς σώζονται αρχαίες ιαπωνικές ξυλογραφίες και πίνακες ζωγραφικής που απεικονίζουν την αγάπη των ντόπιων για τις γάτες με κοντή ουρά. Μάλιστα, υπάρχουν πολλές αναφορές σε τέτοιες γάτες στην ιαπωνική λαογραφία. Σύμφωνα με ένα μύθο, πολλούς αιώνες πριν, η ουρά μιας γάτας πήρε φωτιά την ώρα που κοιμόταν. Φοβισμένη η γάτα άρχισε να τρέχει πανικόβλητη προς όλες τις κατευθύνσεις με αποτέλεσμα να βάλει φωτιά σε πολλά σπίτια της Αυτοκρατορικής πόλης. Μέχρι το πρωί η πόλη είχε ισοπεδώθει και έξαλλος ο Αυτοκράτορας ψήφισε ένα διάταγμα σύμφωνα με το οποίο η ουρά όλων των γατών έπρεπε να κοπεί για να αποφευχθεί παρόμοια καταστροφή.

Υπάρχει επίσης και ο θρύλος της Maneki Neko, της “γάτας που γνέφει” και προσελκύει πολλούς περαστικούς. Είναι τόσο δημοφιλής που κεραμικά ομοιώματά της τοποθετούνται σε εισόδους καταστημάτων και σπιτιών ως σύμβολο καλής τύχης και οικονομικής ευημερίας.

Οι οικόσιτες γάτες έφτασαν στην Ιαπωνία από την Κίνα και την Κορέα γύρω στον 6ο αιώνα, αν και δεν είναι γνωστό εάν αυτές οι γάτες είχαν τη χαρακτηριστική κοντή ουρά της Μπομπτέιλ. Ωστόσο, μέχρι τον 17ο αιώνα πολλές γάτες με κοντή ουρά κυκλοφορούσαν στους δρόμους και την ύπαιθρο της Ιαπωνίας. Τις περισσότερες φορές αναφέρονται ως mi-ke, οι γάτες είναι λευκές με έντονα μπαλώματα κόκκινου και μαύρου χρώματος. Ήταν σεβαστές από τους Ιάπωνες, που τους παρείχαν πολυτελείς και άνετες ζωές σε ναούς και παλάτια.

Όμως, η μοίρα των οικόσιτων γατιών άλλαξε για πάντα όταν άρχισε να απειλείται η ιαπωνική βιομηχανία μεταξιού. Όταν τα ποντίκια άρχισαν να καταστρέφουν τους πολύτιμους μεταξοσκώληκες και τα κουκούλια τα οποία έπαιζαν καθοριστικό ρόλο στην ιαπωνική βιομηχανία μεταξιού, η κυβέρνηση διακήρυξε όλες οι γάτες να ελευθερωθούν για να αντιμετωπίσουν την απειλή. Οι Ιαπωνικές Μπόμπτειλ, από τους ναούς και τα παλάτια, όπως και πολλές ακόμη γάτες υποβιβάστηκαν σε κοινές γάτες του δρόμου που έπρεπε να μάθουν να επιβιώνουν μόνες τους, χωρίς τη βοήθεια των ανθρώπων.

Αν και σήμερα θεωρείται σύμβολο καλοτυχίας στην Ιαπωνία, η Μπομπτέιλ πιθανότατα να μην ανακτήσει ποτέ ξανά την υψηλή θέση και την αναγνώριση που είχε κάποτε.

Η πρώτη επίσημη αναφορά της Ιαπωνικής Μπομπτέιλ στη Δύση ήταν το 1968, όταν η Αμερικανίδα εκτροφέας, Elizabeth Freret, καθιέρωσε το πρώτο πρόγραμμα αναπαραγωγής έξω από την Ιαπωνία με τρεις εισαγόμενες γάτες.

Η φυλή αναγνωρίστηκε από τη Διεθνή Ομοσπονδία Αιλουροειδών (FIFe – Fédération Internationale Féline) το 1989 και η δημοτικότητά της άρχισε να εξαπλώνεται, αν και εξακολουθεί να είναι μια αρκετά σπάνια φυλή.